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怎样找出被黑客入侵web服务器后留下的痕迹？
检查防火墙日志，检查数据库日志，检查服务器日志，检查被改动的配置，找到隐藏的后面，在网上找个取证工具包，里面什么数据恢复，痕迹检查都有。
入侵网站以后对痕迹如何清理?
清除某些日志，如果你还想在入侵的话就不要把所有的日志都清除
上网站会留下什么证据，会被查出来吗？
上网站会留下痕迹的，即使是自己删除了上网痕迹，也还会有的。一般都会有网站后台收集数据的，比如向淘宝，我们在浏览的过程中就是留下了痕迹，它会对我们浏览过的商品进行一个推荐。小程序也是同样的道理的，只要有活动就会留下痕迹。
